Autenzell, früher in die Gemeinde Rettenbach eingegliedert, erscheint urkundlich erst im 12. Jahrhundert. Die hochmittelalterliche Siedlungsstruktur mit den rund um die Kirche gruppierten Höfen ist in Autenzell bis in die Gegenwart hinein erkennbar. Die übrigen Anwesen schlossen sich erst in späterer Zeit der schutzbietenden Dorfgemeinschaft an.
Sieben Grundherrschaften waren in Autenzell begütert, darunter die Benediktinerinnen Neuburg, die Pfarreien Weilach und Inchenhofen, der Kaplan zu "Unserer Lieben Frau" in Schrobenhausen, das Heilig-Geist-Spital Aichach und die Kirche in Ilmmünster.
Den Zerstörungen durch einen Brand1510 folgten die Verheerungen des Dreißigjährigen Krieges. In der Folgezeit wurde die wirtschaftliche Erholung dann durch Erbfolgekriege und Napoleonische Feldzüge verhindert.